1938年10月25日，《新华日报》在武汉出了第287号报纸，在重庆同时出了287号报纸，标志着《新华日报》正式移渝出版。1938年11月1日，报社得到“新升隆”人员牺牲的消息。11月17日，报纸开始用大字标题登出追悼会筹委会通栏启事，持续半个多月。12月5日，召开追悼会，用五个整版推出《追悼本报保卫大武汉殉难同志》专刊。中共中央领导人毛泽东、朱德和国民党的一些要员送了挽联和花圈。

　　1939年5月3日和4日，重庆市区遭敌机轰炸，十家报馆遭破坏。国民党中宣部下令各报停刊，5月6日起共同出版《联合版》，新华日报参加。期间，《新华日报》一方面将文章改在《群众》发表，一方面出油印壁报。1939年8月13日，《新华日报》恢复独立出版发行。

　　1942年，新华日报原来疏散、撤退到各地的职员陆续归来。还增添了夏衍、乔冠华、胡绳等骨干。1943年、1944年、1945年新华日报进入了大发展时期。

　　1945年9月起，《新华日报》人员一分三，一批老骨干潘梓年、章汉夫、许涤新、戈宝权、乔冠华等奔向宁、沪及华南等地，作好在这些城市办报和建立分社的准备。第二路人马石西民、杨赓、刘白羽、周而复、李普、鲁明等充实了新华社记者力量。第三路人马以熊复为核心的四川籍人员，如漆鲁鱼、吴江、郑心如、洪沛然等，留在重庆坚持办《新华日报》。

　　由于《新华日报》一直团结带领人民和黑暗努力斗争，1947年2月28日，《新华日报》在重庆被国民党当局查封。

　　组织关系上，1938年1月至1938年9月，由中共中央长江局代表党中央对《新华日报》实施直接领导；1938年10月至1946年5月，由中共中央南方局代表党中央对《新华日报》实施直接领导；1946年6月至1947年2月，南方局撤销，中共代表团也随当时国民政府迁都南京而迁移，由四川省委代表党中央对《新华日报》实施直接领导。

　　1949年4月23日，南京解放。中共中央24日致电华东局：“上海党报决定命名为解放日报，南京党报决定命名为新华日报。毛主席已允写报头，即可带来，在带到前可沿用旧报头。”当日下午，周恩来代表党中央任命范长江为上海解放日报社长、石西民为南京新华日报社长。

　　1949年4月26日，石西民抵达南京。27日上午，接管了位于中山路39号的原国民党《中央日报》社，筹办南京《新华日报》。29日，创办工作的各路人马集中。30日晨，一张以新华社社论《庆祝南京解放》为发刊词的南京《新华日报》出现在读者手中。《新华日报》这张曾在国内外产生广泛影响的大报，在南京解放后第8天就正式恢复出版，这在国内外新闻史上十分罕见。

　　《新华日报》在南京出版初期，共有在编干部和职工250余人，其中干部为80余人。干部主要来自原豫皖苏边区《雪枫报》、济南《新民主报》、《潍坊报》和华东新闻干校。接管敌方新闻机构后创办的“新华社南京分社”和“南京人民广播电台”当时也均隶属《新华日报》。

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